Uma série de investimentos e melhorias estão sendo feitas nas estações da Linha 7-Rubi com o projeto do Trem Intercidades ligando São Paulo, Jundiaí e Campinas. A estação de Várzea Paulista será uma das paradas que terá adequações para promover a acessibilidade universal, bem como abrir espaço para a implantação de novas vias. Tombada como patrimônio histórico, o projeto terá como principal particularidade a não interferência de suas características originais

As plataformas existentes que estão dispostas lateralmente deverão ser reutilizadas. Uma nova passarela deverá ser implantada na extremidade oeste da estação. Essa passarela será composta por módulos de acesso vertical, onde os passageiros poderão adentrar a estação por meio de escadas fixas e rampas. Haverá também a possibilidade de realizar o cruzamento entre as margens da ferrovia de forma livre, uma vez que a passarela será de livre acesso.

Para promover ainda mais a acessibilidade, a estação deverá ganhar dois novos elevadores, sendo um para cada plataforma. Esses itens são importantes pois auxiliarão os passageiros com mobilidade reduzida a terem total autonomia ao se deslocar pela estação. A estrutura que atualmente é tombada como patrimônio poderá ser utilizada como área operacional, desde que suas características não sejam alteradas.

Apesar das importantes melhorias, a proposta adotada ainda apresenta falhas, destoando de todos os projetos até então apresentados durante a fase da consulta pública. Ao analisar a disposição dos elementos na estação é possível observar uma despadronização do projeto na região do mezanino. Nas demais estações que apresentam disposição semelhante com novas passarelas, o mezanino estará localizado na região intermediária da passarela. Nesta área geralmente existe a presença da linha de bloqueios, SSO e de uma bilheteria, entretanto, a estação de Várzea Paulista não terá sua bilheteria alocada no mezanino superior.

A única bilheteria da estação estará implantada no acesso sul da estação, próxima a uma linha de bloqueios que dará acesso à plataforma sentido Jundiaí/Campinas. Por ser a única bilheteria presente na estação, o projeto comete um erro crasso prejudicando uma parte dos passageiros.